芝加哥大学的学术单位主要包括本科学院部（Undergraduate College）、4所研究生院（Graduate Schools）、7所职业学院（Professional Schools）和附属学校等。
1、本科学院部：
芝加哥大学本科学院（Undergraduate College）提供50个主修专业和28个辅修专业的理学学士和文学学士。学制四年，大致分为自然科学、生命科学、人文科学、社会科学和交叉学科五个方向。
2、学术型研究生院：
研究生院（Graduate Schools）分为四个学部：
（1）数理学部：天文与天体物理系、化学系、计算机科学系、地球物理系、数学系、物理系、统计系、生物物理动力学研究所、计算研究所、恩里科费米研究所（高能物理与天体物理）、詹姆斯弗兰克研究所（材料科学与工程）、史蒂文诺维奇金融数学中心。
（2）生物学部 （Biological Sciences Division）。
（3）人文学部 （Humanities Division）：弗兰克人文科学研究所。
（4）社会科学部 （Social Sciences Division）：人类学系、人类比较发展学系、历史系、经济系、政治科学系、心理系、社会思想系、社会学系。
3、职业型研究生院：
（1）法学院：法学院自习室、法学院自习室。
芝加哥大学法学院由捐助者约翰洛克菲勒始建于1902年，该校自成立以来一直是美国最富声誉的法学院之一。芝大法学院对于社会科学在法学中的运用起到了重要的推动作用，尤其以法律经济学研究中心而著称。
（2）布斯商学院：芝加哥大学商学院创建于1898年，是美国最知名的商学院之一，也是首个授予博士学位和开设EMBA课程的商学院、首个产生诺贝尔奖获得者的商学院。2008年11月芝加哥大学商学院正式将学院改名为芝加哥大学布斯商学院（University of Chicago Booth School of Business）。
芝加哥大学商学院领先采用学系式方法进行商业研究，其方法已经获得其他商学院所效仿。商学院学术独立、教学方法强调理论基础，和哈佛商学院的案例教学形成鲜明比较，各成一派。芝加哥大学商学院的拥有国际知名的教学人员，并且在多项领域拥有一流实力，包括金融、策略、国际商业、企业领导、整体管理、经济、会计、市场行销及其创新的EMBA课程-此课程的校园分设于新加坡、伦敦与芝加哥，参加该课程的学员将在所有三个校园上课。
（3）普利兹克医学院：芝加哥大学医学院于1927年成立，是芝加哥大学生物科学系的医学博士授予单位，为纪念芝加哥普利兹克家族（凯悦酒店集团的创始人）的慈善捐助而于1968年改名为芝加哥大学普利兹克医学院（Pritzker School of Medicine）。1989年，著名肝胆外科学家Christoph Broelsch 在芝大医学院成功完成了人类历史上第一台活体肝脏移植手术。
（3）哈里斯公共政策学院：哈里斯公共政策学院在经济公共政策、卫生公共政策以及国际关系政策中享誉盛名，教员中有两位诺贝尔奖获得学者与包括小布什期间财政部长和奥巴马期间资深顾问在内的若干美国前高级官员。
（5）芝加哥大学神学院：是芝加哥大学的一所职业学院，致力于培养各宗教方面的牧师和学术人才，在浸礼会教友派的主办下成立。芝加哥神学院培养着大部分在美国高等院校学习宗教并有着指定终身职位的学员。
（6）社会服务管理学院：社会服务管理学院是芝加哥大学的社会工作学院。SSA由部长和社会工作教育家Graham Taylor于1903年创建，作为慈善和社会工作实践培训的社会科学中心。SSA为毕业生提供了广泛的社会科学基础。该校既有硕士学位课程，也有博士学位课程。硕士课程为期两年，可以全日制或兼读制。
（7）格雷厄姆学院：自1890年芝加哥大学成立以来，芝加哥大学格雷厄姆学院一直是其终生学习的中心。
4、附属学校：芝加哥大学实验学校（UChicago Laboratory Schools）由曾任芝大教授的美国教育思想家、实用主义哲学家约翰杜威于1896一手创办用于美国教育实验学校，是芝大所属的一所全日制综合性私立学校。学校提供从幼儿教育到小学、初中、高中12个年级的课程教育，很多美国名人均毕业于该校。此外，芝大名下还有四所公立的特许学校以及为残疾儿童开设的海德公园日校。
补充材料：
芝加哥大学（The University of Chicago）由石油大王约翰洛克菲勒于1890年创办，坐落于美国金融中心芝加哥，是一所私立研究型大学。芝加哥大学诞生了芝加哥经济学派等众多知名的芝加哥学派，创立了法律经济学，是经济学、法学等社会科学学科的世界级学术重镇。
芝加哥大学的前身是由美国浸信会建立的一所教会学校，该校与芝加哥大学同名，但在1886年由于财政问题而倒闭。
芝加哥大学以实现通识教育为目标，采取核心基础与专业课程分离的政策，对于刚进入大学的新生（freshman），在大一大二时必须修毕校方所指定的所有核心课程学分。
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