甲氨蝶呤通过对二氢叶酸还原酶的竞争性抑制而发挥作用。二氢叶酸还原酶是一个在DNA合成中重要的酶，特别是在叶酸变成四氢叶酸及脱氧尿嘧啶核苷甲基化而转变成胸腺嘧啶核苷的过程中是必不可少的。此药选择性地作用于DNA合成期(即S期)，属周期特异性药物。
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甲氨蝶呤主要用于治疗急性白血病（急性淋巴细胞白血病）、乳腺癌、绒毛膜上皮癌及恶性葡萄胎、头颈部癌、骨肿瘤、白血病脑膜脊髓浸润、肺癌、生殖系统肿瘤、肝癌、顽固性普通牛皮癣、皮肌炎、体肌炎、强直性脊柱炎、克罗恩病、牛皮癣和银屑病性关节炎、白塞氏病和自体免疫病等。甲氨蝶呤对类风湿性关节炎的滑膜炎症的治疗效果也特别好。
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